thèse (h/f)
Detail de l'annonce :
Date Limite Candidature : lundi 11 juillet 2022
Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné
avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles
associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité
sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de
consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer
votre CV dans notre CVThèque en un clic !
INFORMATIONS GÉNÉRALES
Référence : UMR5168-ERIMAR-004
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : lundi 20 juin 2022
Nom du responsable scientifique : Eric Maréchal
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel
DESCRIPTION DU SUJET DE THÈSE
Nous recherchons un/une candidat/e pour une thèse intitulée
"Génomique des algues des neiges : la vie dans la neige, du génome
à la cellule et aux populations". Cette thèse fait partie du
programme d'excellence "80 Prime" du CNRS. Le/la candidat/e devra
avoir une formation solide en bioinformatique, avec un fort degré
d'autonomie, pour manipuler des données de génomique (assemblage,
annotation, comparaisons de génomes, etc.) et des bases en
métagénomique. Le/la candidat/e devra avoir un intérêt pour les
études des microorganismes dans leurs écosystèmes et les processus
adaptatifs, dans un contexte de changement environnemental lié au
réchauffement global. Il/elle développera essentiellement ses
travaux par des approches in silico, en contact avec des collègues
développant des aspects expérimentaux. Il/elle devra donc être à
la fois autonome et avec une aisance en contexte collectif
pluridisciplinaire. Description du sujet: La neige est peuplée
d'organismes unicellulaires dont très peu d'espèces ont été
décrites, et aucun génome caractérisé. Au dessus de la limite de
l'habitat des arbres, les formes pionnières sont des microalgues
photosynthétiques, dont certaines peuvent devenir dominantes,
accumulant des caroténoïdes et colorant la neige en rouge. Dans le
cadre du programme Alpalga (https://alpalga.fr/), des collectes
effectuées par les laboratoires proposant ce projet, dans la Zone
Atelier Alpes réalisées de 2017 à 2022 ont permis d'isoler des
espèces différentes : 4 génomes d'algues cultivables ont été
séquencés, 1 génome d'algue non cultivable est en cours de
séquençage à partir de données métagénomiques et 1 champignon
unicellulaire des neiges est aussi en cours de séquençage. Le projet
de thèse vise donc la première caractérisation génomique de
microorganismes eucaryotes peuplant la neige, aux niveaux
moléculaires, cellulaires (génomique fonctionnelle), et des des
populations afin de déchiffrer les mécanismes génomiques et
éco-physiologiques permettant de "vivre dans la neige".
Le projet reposera sur une expertise importante de l'étudiant.e en
bioinformatique/analyse de génomes (annotation, comparaison de
génomes, métagénomique), nécessitant un accès à des données de
génomique originales en grande partie déjà disponibles. Le projet
combine donc une part à faible risque, voire sans risque,
d'annotation et de génomique comparative. Pour le deuxième volet, le
risque sera maitrisé en se focalisant sur un nombre raisonnable
d'espèces, caractéristiques des environnements explorés.
CONTEXTE DE TRAVAIL
La thèse se déroulera dans deux unités grenobloises. Dans un
premier temps, au LPCV (laboratoire de Physiologie Cellulaire et
Végétale), un laboratoire expert dans la culture et la manipulation
de microalgues, étudiant ces organismes des niveaux moléculaires
(gènes) aux niveaux cellulaires. Le LPCV est composé d'environ 100
personnes. Il dispose d'installations de culture de microalgues, et
tous les moyens techniques pour en extraire et séquencer les
génomes, caractériser l'état physiologique et les profils
transcriptomiques et lipidomiques. Voir
https://www.lpcv.fr/Pages/Lipid/Presentation.aspx pour plus
d'informations sur l'équipe LIPID. Dans un second temps la thèse se
poursuivra au LECA (laboratoire d'Ecologie Alpine), un laboratoire de
référence sur l'étude du fonctionnement ders écosystèmes et de
l'ADN environnemental. La thèse reposera sur des données génomiques
originales déjà produites ou en cours de production dans le cadre du
programme Alpalga (https://alpalga.fr/),. Elle explorera ces données
à l'aides d'approches bioinformatiques maitrisées par les deux
unités, pour contribuer à l'identification de mécanismes
d'adaptation potentiels à la vie dans la neige, et pour explorer la
structuration des populations correspondantes en milieu naturel et
leurs dynamiques.
CONTRAINTES ET RISQUES
Le projet ne présente aucune exposition à des risques particuliers.
INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES
Nous recherchons un/une candidat/e pour une thèse intitulée
"Génomique des algues des neiges : la vie dans la neige, du génome
à la cellule et aux populations". Cette thèse fait partie du
programme d'excellence "80 Prime" du CNRS. Le/la candidat/e devra
avoir une formation solide en bioinformatique, avec un fort degré
d'autonomie, pour manipuler des données de génomique (assemblage,
annotation, comparaisons de génomes, etc.) et des bases en
métagénomique. Le/la candidat/e devra avoir un intérêt pour les
études des microorganismes dans leurs écosystèmes et les processus
adaptatifs, dans un contexte de changement environnemental lié au
réchauffement global. Il/elle développera essentiellement ses
travaux par des approches in silico, en contact avec des collègues
développant des aspects expérimentaux. Il/elle devra donc être à
la fois autonome et avec une aisance en contexte collectif
pluridisciplinaire. Description du sujet: La neige est peuplée
d'organismes unicellulaires dont très peu d'espèces ont été
décrites, et aucun génome caractérisé. Au dessus de la limite de
l'habitat des arbres, les formes pionnières sont des microalgues
photosynthétiques, dont certaines peuvent devenir dominantes,
accumulant des caroténoïdes et colorant la neige en rouge. Dans le
cadre du programme Alpalga (https://alpalga.fr/), des collectes
effectuées par les laboratoires proposant ce projet, dans la Zone
Atelier Alpes réalisées de 2017 à 2022 ont permis d'isoler des
espèces différentes : 4 génomes d'algues cultivables ont été
séquencés, 1 génome d'algue non cultivable est en cours de
séquençage à partir de données métagénomiques et 1 champignon
unicellulaire des neiges est aussi en cours de séquençage. Le projet
de thèse vise donc la première caractérisation génomique de
microorganismes eucaryotes peuplant la neige, aux niveaux
moléculaires, cellulaires (génomique fonctionnelle), et des des
populations afin de déchiffrer les mécanismes génomiques et
éco-physiologiques permettant de "vivre dans la neige".