STAGE BAC+5: STATISTIQUE/HALIEUTIQUE: Validation de l’identification taxinomique des espèces dans les données halieutiques franç

L’IFREMER Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin. Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère. Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes. Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA). DESCRIPTION DE L'OFFRE: CONTEXTE GÉNÉRAL : Depuis une vingtaine d’années, des observations scientifiques sont effectuées à bord des navires de pêche professionnelle, permettant d’obtenir des données de capture de pêche. Ces données sont récoltées par différents observateurs scientifiques formés au protocole d’échantillonnage et à la reconnaissance des espèces. Ces identifications de taxons sont aujourd’hui insuffisamment contrôlées, dans la mesure où toute espèce existante (i.e. présente dans le référentiel espèce de l’Ifremer) est susceptible d’être saisie. Certains taxons très proche peuvent également être fréquemment confondus. Le stage a pour objectif de déterminer des méthodes de validation ou de scoring d’identification d’espèces pour les prochaines saisies. Pour cela, vous devrez d’abord étudier les données historiques de ces observations appelées ObsMers. La règle de contrôle à établir pourra être complétée avec des indicateurs spatiaux/temporels et utiliser les informations contenues dans des bases taxinomiques internationales (Worms, Fishbase). Différentes méthodes statistiques devront être appliquées sur une ou plusieurs espèces dont l’identification sera jugée particulièrement problématique afin de déterminer la plus satisfaisante. Après validation de la méthode, elle sera appliquée à l’ensemble des données ObsMer. Suite à cela, un module de contrôle des nouveaux taxons saisis devra être créé via le logiciel R-Shiny et ajouté à l’outil existant Valparaiso. Valparaiso est un outil de validation multi-programmes de données halieutiques. Il est actuellement en cours de développement par un statisticien et ce stage se fera en collaboration avec cette personne. Ce nouveau module de contrôle devra dans un second temps pouvoir être applicable à d’autres données halieutiques. Le stage prévoit la rédaction d’une documentation de la méthode ainsi qu’un résumé de l’étude à vocation de communication. OBJECTIFS DU STAGE : Développer un ou plusieurs contrôles pour valider les identifications taxinomiques réalisées dans le cadre d’ObsMer et intégrer ce module à l’outil Valparaiso. ORGANISATION DU STAGE : * Prise en main de la base de données ObsMer ; * Inventaire et analyse des données historiques par taxons ; * Tests de méthodes statistiques d’identification douteuses de taxons ; * Analyse des résultats et choix de méthode(s) ; * Documenter la méthode et rédiger un résumé de l’étude sur les données historiques à vocation de communication ; * Création du ou des contrôles à intégrer à l’outil Valparaiso ; * Tester la méthode sur d’autres données halieutiques. PROFIL RECHERCHÉ * Etudiant en master 2 en formation statistiques et/ou halieutique ou équivalent VOS COMPÉTENCES: * Formation en statistiques ; * Maîtrise de R et R-Shiny ; * Aptitude à la rédaction et à la synthèse. CONDITIONS DE TRAVAIL * 35h du lundi au vendredi POUR POSTULER DATE DE CLÔTURE DE RÉCEPTION DE CANDIDATURES : 18/02/2022 TOUTES NOS CANDIDATURES SONT TRAITÉES EXCLUSIVEMENT VIA NOTRE SITE CARRIÈRES.