postdoct h/f fr fermat etude des biofilms sous écoulement

Date Limite Candidature : mardi 21 juin 2022 Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer votre CV dans notre CVThèque en un clic ! INFORMATIONS GÉNÉRALES Référence : FR3089-PASGUI-001 Lieu de travail : TOULOUSE Date de publication : mardi 31 mai 2022 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 12 mois Date d'embauche prévue : 3 octobre 2022 Quotité de travail : Temps complet Rémunération : 2900-3375 € Brut/mois selon expérience Niveau d'études souhaité : Doctorat Expérience souhaitée : 1 à 4 années MISSIONS La signalisation moléculaire est un mécanisme important dans la formation et la régulation de populations bactériennes sous forme biofilm. L'exemple le plus classique est le Quorum Sensing (QS), un mécanisme de détection de densité cellulaire locale qui se fait par la production et la réception, par les bactéries, de molécules diffusibles. Pour P. aeruginosa, la bactérie modèle la plus utilisée pour l'étude des biofilms et un pathogène opportuniste impliqué dans différentes pathologies infectieuses, dont la mucoviscidose, le QS est un mécanisme clé d'adaptation et de régulation de la virulence et de la pathogénicité. Le QS joue un rôle dans la régulation et la structuration des biofilms, dans le contrôle de la motilité et la perte de sensibilité aux traitements antimicrobiens. Dans un contexte d'émergence de microorganismes multi-résistants, y compris par phénomène adaptatif (formation de biofilms), le QS est devenu une nouvelle cible thérapeutique potentielle pour le contrôle de populations bactériennes, notamment dans le domaine médical. L'objectif de ce projet est d'améliorer notre compréhension du rôle du Quorum Sensing chez la bactérie P. aeruginosa sous écoulement dans des milieux hétérogènes. On s'intéressera à l'étude de l'adhésion bactérienne et de la croissance du biofilm dans différentes conditions. L'originalité du projet repose sur la mise en œuvre, dans des systèmes microfluidiques, d'outils moléculaires développés par synthèse chimique orientée, et par l'utilisation des techniques de biologie moléculaire et d'imagerie pour la mise en évidence des phénomènes impliqués. L'intérêt des systèmes microfluidiques est qu'il permet de corréler les mesures en microscopie de fluorescence pour la visualisation du développement de biofilm en temps réel. ACTIVITÉS * Mise en place des systèmes microfluidiques (microfabrication au LAAS-CNRS) et formation sur les techniques déjà en place * Utilisation des approches de microscopie pour visualiser la dynamique de croissance des populations, ainsi que les champs de vitesse dans les structures. * Manipulation des microorganismes et réalisation des opérations de base de microbiologie * Manipulation des substances chimiques utilisées pour l'inhibition. * Analyse de données * Étude de la biophysique de la croissance bactérienne et quantification des différences correspondant aux différentes conditions. * Rédaction et publication d'articles scientifiques. * Gestion des collaborations entre chimistes, physiciens et microbiologistes. COMPÉTENCES * Expertise dans la manipulation des systèmes microfluidiques en PDMS. * Expertise dans la manipulation de bactéries et biofilms dans des systèmes microfluidiques. * Maîtrise des approches de microscopie photoniques, en particulier en fluorescence. * Expérience dans la manipulation d'organismes pathogènes de niveau 2, comprenant Pseudomonas aeruginosa * Expérience de travail dans un laboratoire L2. * Parler/écrire couramment en Anglais. * Être très motivé et être pleinement impliqué dans le projet. CONTEXTE DE TRAVAIL Une caractéristique importante de ce travail est qu'il se déroulera en collaboration entre deux laboratoires toulousains : le Laboratoire de Génie Chimique (LGC UMR 5503) et l'Institut de Mécanique des Fluides de Toulouse (IMFT UMR 5502). La recherche sur P. aeruginosa, notamment dans le contexte de la mucoviscidose, et le développement d'inhibiteurs du QS pour des applications thérapeutiques, est une activité importante de l'équipe « Ingénierie des biofilms » du LGC. La collaboration cherche ici à s'appuyer sur les outils de microfluidique et de microscopie développés dans le cadre de l'ERC BEBOP à l'IMFT pour, d'une part, mieux comprendre les couplages avec le transport, et d'autre part, étudier l'activation/inactivation du QS en milieu hétérogène. Ce projet est financé par la fédération FERMAT à travers l'axe Ingénierie pour le Vivant. Il s'inscrit dans la construction d'un groupe de travail autour de problématiques méthodologiques et scientifiques liées à l'adhésion microbienne et à la formation de biofilms, avec la volonté de mettre en place un axe pluridisciplinaire autour de ces questions et en particulier, de bénéficier des compétences du site. CONTRAINTES ET RISQUES * Travailler dans des laboratoires de microbiologie/biophysique avec des protocoles contraignants. * Manipuler des microorganismes pathogènes et des substances chimiques potentiellement toxiques. * Travailler avec des sources lumineuses, incluant des lasers. INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES Nom des responsables scientifiques Dr. Fatima El Garah et Dr. Yohan Davit Pour plus d'infos sur les travaux @ LGC, https://lgc.cnrs.fr/annuaire/fatima-el-garah/ Pour plus d'infos sur les travaux @ IMFT, http://yohan-davit.com