thèse en génomique pour étudier les transferts horizontaux chez les plantes et autres organismes (h/f)

Date Limite Candidature : lundi 11 juillet 2022 Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer votre CV dans notre CVThèque en un clic ! INFORMATIONS GÉNÉRALES Référence : UMR5096-MOAELB-001 Lieu de travail : PERPIGNAN Date de publication : lundi 20 juin 2022 Nom du responsable scientifique : Moaine El Baidouri Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral Durée du contrat : 36 mois Date de début de la thèse : 1 octobre 2022 Quotité de travail : Temps complet Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel DESCRIPTION DU SUJET DE THÈSE Les transferts horizontaux (HTs) désignent le mouvement du matériel génétique entre des espèces distantes par des mécanismes autres que la reproduction sexuelle. Chez les procaryotes, les transferts horizontaux sont bien connus pour être une source de nouveaux traits adaptatifs, comme la propagation de gènes impliqués dans la résistance aux antibiotiques. Au cours de la dernière décennie, il est devenu de plus en plus évident que chez les eucaryotes aussi, comme les plantes, les HTs peuvent également conduire à des sauts évolutifs majeurs et à une adaptation très rapide à de nouvelles niches écologiques qui ne seraient pas possibles uniquement par des mutations génétiques standard. Cependant, on sait peu de choses sur le type d'interactions biotiques les favorisant et sur l'implication possible des vecteurs dans ces transferts entre plantes. Dans un travail précédent mené sur 40 espèces de plantes, nous avons identifié plus de 32 transferts d'éléments transposables (TEs) entre 26 espèces de plantes très éloignées (El Baidouri et al 2014). Cette étude a été la première démonstration que les HTs sont loin d'être anecdotiques chez les plantes et que les interactions hôte-parasite ne constituent pas la seule voie de ces fréquents échanges génétiques inter-espèces. Avec l'avènement des technologies de séquençage de nouvelle et troisième génération et l'augmentation substantielle des données génomiques chez les plantes, il devient possible d'évaluer les voies des HTs à très grande échelle. Dans ce projet, nous utiliserons des outils bioinformatiques innovants développés récemment dans notre laboratoire et qui visent à caractériser les HTs au niveau du génome entier et sans aucune connaissance préalable sur l'annotation du génome. Grâce à ces outils, nous caractériserons les transferts entre plantes et entre plantes et autres organismes (champignons, bactéries, insectes, virus) à une échelle inédite en comparant des milliers de génomes disponibles. Cela jettera les bases d'une meilleure compréhension des voies de HTs, de déterminer la nature de relations biotiques les favorisants ainsi que l'implication de vecteurs intermédiaires dans les transferts entre plantes. Profil et compétences recherchées Le/la candidat(e) retenu(e) devra avoir un Master en biologie végétale ou en bioinformatique et avoir une solide expérience en analyse de grands jeux de données de séquençage, en génomique comparative et être familiarisé(e) avec l'environnement LINUX. Le/la candidat(e) doit avoir de bonnes capacités rédactionnelles et une bonne maîtrise de l'anglais parlé etécrit. La connaissance de l'un des langages de programmation suivants : Bash/Python/Perl ou R serait un atout. CONTEXTE DE TRAVAIL Cette thèse sera réalisée au Laboratoire Génome et Développement des Plantes (LGDP), situé à Perpignan sous la direction de Moaine El Baidouri. Le LGDP étudie la dynamique du génome des plantes et la régulation de l'expression des gènes, notamment au cours du développement, de l'acclimatation et de l'adaptation aux stress abiotiques. INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES Thèse avec un financement acquis (Projet ANRJCJC)